Het aquarium zal op z’n tijd ook schoongemaakt moeten worden. Je zult zien dat er algen op het glas gaan zitten. Op plaatsen waar de begroeing dicht tegen het glas zit, zullen meer algen zitten dan op open plaatsen. De hoeveelheid algen is grotendeels afhankelijk van het evenwicht in het aquarium. Hoe beter dit is, hoe minder algen er zullen groeien. Ook heb je wel eens te maken losgelaten blaadjes, dode vissen en (te) veel kroos. Je kunt vissen kopen die losgelaten blaadjes opeten, het glas schoonmaken en dode vissen opeten. Dit proces kan dan echter dagen duren, wat vooral bij dode vissen niet echt hygienisch is. Daarom geef ik er de voorkeur aan alles met de hand schoon te maken en op te ruimen.

Het glas is het makkelijkst schoon te maken met een magneet. De ene helft van deze magneet zit aan de binnenkant van het glas, de andere aan de buitenkant. Op de binnenste magneet zit een soort klittenband dat de algen van het glas schuurt. Deze algen zullen in het filter uit het water gehaald worden.
De achterzijde van het aquarium staat meestal tegen een muur aan. Om deze schoon te maken kun je gebruik maken van een stok die je in het water steekt, met aan het uiteinde een soort schuurspons. Duw deze stok nooit hard tegen het glas, hierdoor zal het aquarium snel gaan lekken. Als je het glas met zo’n stok schoonmaakt, probeer dan altijd aan de achterkant een beetje terug te duwen om de kracht aan de binnenkant te compenseren.